菅官房長官に対するブリーフィングは、霞が関官僚の間では、極度の緊張を強いられる時間だったと語り継がれている。官僚はブリーフィングの際、ほぼ例外なく説明資料を持参する。その資料に沿って、官僚が新しい政策や政府の対処方針などについて説明する。
菅氏はどんな対応をしたのか。一言でいうと、官僚ペースになることを極度に嫌っていた。「菅さんは地頭が良い方だと思った」。官房長官時代の菅氏にブリーフィングした経験のある官僚はこう語る。菅氏は官僚が持参した説明資料を自分の頭で判断しようとした。このため、説明資料に沿ってブリーフィングする官僚としばしば、呼吸が乱れる事態が起きた。
この官僚によれば、菅氏は資料を一瞥して納得すると、ものすごい勢いで資料を読み進めた。官僚が1枚目を説明しているのに、もう3枚目に目を通していた。逆に、納得しないと非常にゆっくりペーパーを読んだ。ブリーファー役の官僚はいつも、説明のペースやどこに力点を置くのかなど、極めて緊張した状況に置かれていたという。
菅氏に説明した経験のある官僚の一人は「ペーパーを読んだ後、菅さんが『はい、わかりました』と言えば問題なかった。何も言わないときは不承知という意味だった。でも、何も言わないことを黙認したと早合点した官僚が後で叱責されたことがある」と語る。
菅氏は、霞が関でよくある文化のひとつである「言い訳」や「ごまかし」の文化を非常に嫌った。ある日、複数の官庁による官房長官ブリーフィングがあった。すでに一度ブリーフしていたが、事務方のミスで説明に問題があり、改めて釈明も兼ねたブリーフィングだった。ここで、ある官僚がミスの原因が他官庁にあるという説明をしてしまった。１週間後、この官僚は担当ポストを外された。
菅首相は自民党総裁選の際、「私ども（政治家）は選挙で選ばれている。何をやるという方向を決定したのに、反対するのであれば異動してもらう」と述べた。
霞が関のキャリア官僚の一人は「官僚は政治家の指示に従って仕事をする。政治家の指示に反対することはありえない」と語る一方、菅氏の発言はそれだけ、「官僚支配の打破」を強く意識した発言なのだろうという見方を示した。実際、菅政権は縦割り行政の解消を重要課題の一つに据えるなど、官僚ににらみを利かせる姿勢を強調している。
今回の組閣でも、菅氏の「官僚を統制したい」という思惑が色濃く出た。自民党のベテラン議員によれば、菅氏は各派閥トップが示した「入閣待望リスト」を無視した。「菅さんは、各派閥に割り当てるポスト数については、派閥の要望通りにした。しかし、誰を入閣させるかは、菅さんの一存で決められた。入閣要請も派閥トップを通じてではなく、直接、菅さんがその政治家に伝えていた」。
そして、菅氏が最も重視したのが、「同じポストの大臣経験者」という点だった。再登板組は、麻生太郎財務相に始まり、萩生田光一文部科学相、上川陽子法相ら内閣の約半数に達する。菅氏は周囲に「大臣は１回やるだけではだめだ。２～３回やって、初めて官僚と伍していける」と語っていたという。
