ただ、果汁100％のジュースでも、果物をそのまま食べることに代わるものとしては十分ではない。満腹感を得られるわけでもなく、果物よりも糖分の含有量が多い（自然に濃縮されて糖度が上がっているなどの）場合もある。タンパク質やミネラルも少量しか含まれておらず、果肉が含まれていなければ、食物繊維もゼロの場合が多い。
AAPによると、米国のジュースの消費量は、2008～13年の間に減少している。10代までの子供たちの「果物」の摂取は半分近くがジュースによるものとなっているが、ここ数年はさらにその量が減少する傾向にある。果物の一日当たりの推奨摂取量は2～2.5カップとされており、その一部に代えてジュースを飲むことには問題はないものの、理想的ではないという。
また、提言では明確な量を規定していないが、「過度の」ジュースの摂取は下痢や腸内にガスがたまること、腹部膨満と関連しているという。さらに、摂取カロリーが推奨量を超えているにもかかわらず、低栄養状態になる可能性がある。
そのほか、特にグレープフルーツジュースは薬物代謝酵素である「CYP3A4」によって代謝される免疫抑制剤の「シクロスポリン」「タクロリムス」、降圧剤の「フェロジピン」などを服用している人にとって危険なものだ。ジュースがこの酵素の活動を阻害する可能性があるためだ。また、殺菌されていないジュースには、深刻な症状を引き起こす大腸菌やサルモネラ種などの細菌が含まれている可能性がある。
ただ、提言に従い低温殺菌された推奨量の果汁100％のジュースだけを飲むように注意すれば、生後半年以降のどの年齢の子供たちも、ほぼ問題は起きないとみられている。
