古代DNAが、アフリカの原産地から始まったイエネコの起源と世界的な拡散のプロセスを明らかにした。
最初に家畜化されたとき、ネコは縞模様だった。毛色の変異（シャムネコの模様など）や毛の長さの変化が現れたのは、もっと後のことだった。
動物学の大学院生だった頃、オフィスの同僚がイエネコ（学名：Felis catus）の進化と家畜化について、何カ月もかけて詳細な論文を調べ、執筆していたのを今でも覚えている。彼女は明らかに自らの好奇心を満たすために、趣味としてそれを行っていた。しかし当時でさえ、ネコの歴史的な起源をたどる試みは、古代DNAサンプルの不足や、イエネコがその近縁種であるリビアヤマネコ（F. lybica lybica）およびヨーロッパヤマネコ（F. sylvestris）と身体的に極めて類似していることによって、大きく制限されていた。では、イエネコはどこで誕生したのだろうか。最も近い野生の祖先はどの種だったのだろう。そして、最初のイエネコはどのような姿をしていたのだろうか。
「古代エジプトの図像に描かれているネコは、野生の祖先であるリビアヤマネコに一般的なタビー（典型的なキジトラの縞模様）だった」と、今回の研究のシニアリーダーであり、欧州連合（EU）から資金提供を受けた「FELIXプロジェクト」の主任研究員を務めるローマ・トル・ヴェルガータ大学の古遺伝学者、クラウディオ・オットーニ准教授は語る。
黒い斑点のあるシルバータビーのエジプシャンマウ。エジプシャンマウは非常に希少な古代の品種だ。家畜化されたネコの中で、自然に斑点模様を持つ数少ない品種の1つでもある
「ネコの表現型（外見上の特徴）の変異は、主にコートパターン（毛並みの模様）や色、毛の長さといった美的な特徴に関連している」と、オットーニ教授は電子メールでの取材に答えた。「しかし、これらのほとんどはネコと人間の関係の歴史においてごく最近、おそらくここ2世紀ほどの間の品種改良によって現れたものだ。一部の変異、特に毛色（黒など）はそれよりも早く出現した可能性があり、私たちは現在、それがどれほど古い時代まで遡るのかを調査している。いずれにせよ、こうした変異は人間の選択淘汰によって現れた可能性が高い。人間が野生種に一般的なタビーとは異なる新しい変異を好み、それを選択的に繁殖させ始めたのだ」
現代のネコの姿についてはある程度の推測ができるものの、家畜化されたネコが人間とともに（通常は）ヨーロッパ各地やその先へと移動する中で、どのような起源を持ち、どのような歴史的ルートをたどったのかについては、まだ多くの謎が残されている。
オットーニ教授をはじめとする国際的な共同研究チームは最近、この知識の空白を埋めることを目的とした研究を発表した。要約すると、研究チームはイエネコが現在北アフリカや近東に生息しているリビアヤマネコと遺伝的に最も類似していることを突き止めた。さらに、ヨーロッパ、グレートブリテン島、アイルランドに自生するヨーロッパヤマネコがイエネコと遺伝的にクラスタリング（分類化）されるのは、西暦1世紀以降に生息していた個体のみであることも判明した。これは、イエネコが人間とともに拡散したのは当初考えられていたよりもはるかに後であり、しばしば想定されているような新石器時代にヨーロッパへ導入されたわけではないことを示している。さらに、野生集団と家畜集団の間の広範な遺伝子流動（交雑）と強い身体的類似性により、これら2つの姉妹種の先祖関係を解き明かすことは極めて困難であった。
ヨーロッパへのイエネコの導入。ヨーロッパおよびアナトリア（地図上の黒丸）の遺跡から出土した古代のネコのゲノムから、イエネコが約2000年前（kya）から北アフリカからヨーロッパに導入され始めたことが明らかになった。これはヨーロッパで新石器時代が始まってから数千年後のことである。サルデーニャ島のリビアヤマネコは、北アフリカ北西部の異なるヤマネコ集団に由来する。
現在、初期のネコの家畜化が行われたと考えられている場所は2カ所ある。1つは約9500年前の新石器時代のレバント（地中海東部沿岸地域）地方であり、もう1つは約3500年前のファラオ時代のエジプトである。レバントにおける家畜化の証拠は、人間と一緒に埋葬された1匹のネコの古代遺骸によって示されている。対照的に、古代エジプト文化には、ネコのミイラから人間のかたわらで皿から食べ物を食べるネコの絵画にいたるまで、ネコが家畜化されていた証拠が豊富に存在している。
今回の新たな研究によると、私たちの愛する愛玩ネコは、現在のトルコにあたる地域から古代の農耕民とともに、あるいはローマ兵の遠征に同行してヨーロッパへと拡散した可能性がある。しかし、これらの拡散したネコは本当に家畜化されていたのだろうか、それともヤマネコの独自の系統だったのだろうか。
これらの疑問を解明するため、オットーニ教授と、同教授の研究室の博士研究員であるマルコ・デ・マルティノ、そして多くの共同研究者たちは、考古学遺跡や博物館の所蔵品、および現代のネコ計87個体のゲノム解析およびゲノム再構築を行った。デ・マルティノ博士が率いるチームは、紀元前9000年頃から19世紀にわたる約1万1000年間の考古学的標本から70の低カバレッジ（解読精度の低い）ゲノムを、またイタリア、ブルガリア、北アフリカの現代および博物館所蔵のヤマネコの遺骸から17の高カバレッジゲノムを生成した。
デ・マルティノ博士によると、ゲノムDNAの変異を調べることで、ネコの進化を精査し、そこに地理がどのように関与しているかを特定することができたという。
オットーニ教授らのチームは、約6000年前に西方に到達したと考えられていた古代のネコの遺骸が、イエネコではなくヨーロッパヤマネコであったことを発見して驚いた。それどころか、彼らの研究により、本物のイエネコは実際にはリビアヤマネコから進化し、新石器時代の終わりから数千年も経った後にヨーロッパやアジア南西部に現れたことが明らかになった。それらは多くの場合、ローマ軍の進軍ルートに同行して移動し、グレートブリテン島に到達したのはようやく西暦1世紀になってからだった。
サルデーニャ島のヤマネコはイエネコと関係があるのか？
サルデーニャヤマネコはリビアヤマネコの亜種である。これらのヤマネコはサルデーニャ島内陸部の山岳森林地帯に生息し、主に森林に生息する小型の齧歯類（ネズミなど）や、小鳥、爬虫類、両生類を捕食している。
本研究において、オットーニ教授らは、古代および現代のサルデーニャヤマネコが、イエネコよりも北アフリカのリビアヤマネコに極めて近い、独自の独立した集団であることを突き止めた。
「非常にエキサイティングだったのは、サルデーニャ（ジェノーニ遺跡）から出土した紀元前2世紀のネコを発見したことだ。このネコは、過去2000年間に拡散したイエネコ（そのわずか数世紀後に、サルデーニャを含むヨーロッパ全土で見られるようになるイエネコ）とは遺伝的にまったく異なっていた」と、オットーニ教授はメールで詳述した。
「私たちは、ジェノーニのネコが、現在もサルデーニャ島に生息しているヤマネコ（リビアヤマネコ）の集団の起源となった個体群に属していたと考えている」
この発見は、数千年前に人間が北アフリカ北西部から、本来は野生のヤマネコが生息していなかった地中海の島々へとヤマネコを移動させたことを示している。したがって、サルデーニャヤマネコは、初期のイエネコが野生化した子孫ではないということになる。
「行動の観点から言えば、彼らは異なっており、イエネコ特有の特徴を身につけていなかった」とオットーニ教授はメールで説明した。「実際、これらのネコはサルデーニャ島に上陸するとすぐに、人間のそばにとどまることなく、野生化していったのだ」
「ヤマネコのゲノムサンプルが限られているため（レバントから3個体、北アフリカから2個体）予備的なものではあるが、これらの結果は、イエネコとサルデーニャヤマネコが北アフリカの2つの遺伝的に異なる集団（我々のデータセットでは、それぞれチュニジアとモロッコのヤマネコによって表されている）に由来するという仮説を可能にする」と、著者らは論文の中で慎重に述べている。
イエネコは本当に「家畜化」されているのか？
これも驚くべきことかもしれないが、ネコの遺骸やネコを描いた美術品は、ヨーロッパ、アフリカ、アジアのさまざまな考古学遺跡で1万年以上にわたって確認されており、特定の文化において人間とネコが何らかの長期的な関係を持っていたことを示している。しかし、ここでもう一度問い直したい。これらの古代のネコは本当に「家畜化」されていたのだろうか。
「ネコは、他の家畜化された種と比較して極めて特異な特徴（何よりもまず、人間がいなくても繁栄できる能力）を持つ、かなり型破りな『家畜』種のままである。実際、多くの人々は、それが真に家畜化されていると定義できるのかどうか、本当に疑問に思っている」とオットーニ教授はメールで語った。
さらに、考古学的遺骸がまばらであることや、骨だけで家畜ネコと野生ネコを区別することの難しさが、初期のイエネコの起源と拡散に関する理解に大きな空白を残してきた。
「これは、考古学的文脈におけるネコ科動物の遺骸の少なさ、骨格要素から種や家畜化の状態を特定することの難しさ（野生種と家畜種ではサイズや形態が重複するため）、およびこれまでに分析された古代および現代のゲノムの数が限られていることなど、さまざまな要因によるものである」と、著者らは研究論文に記している。「その結果、ネコがいつ、どこで、どのように家畜化されたかに関する現在の仮説は、実証的な証拠によって十分に裏付けられていない」
